Organizační struktura
V čele Institutu stojí ředitel, kterého jmenuje a odvolává ministr spravedlnosti. Ředitel IKSP jmenuje a odvolává tajemníka Institutu, který je současně jeho zástupcem. Organizační útvary Institutu tvoří výzkumná skupina, sekretariát, ekonomický úsek a pracovní týmy, sestavované z výzkumných pracovníků na řešení jednotlivých výzkumných úkolů pod vedením odpovědných řešitelů. Vedoucí těchto útvarů a odpovědné řešitele pro jednotlivé výzkumné úkoly jmenuje a odvolává ředitel IKSP. Poradním sborem ředitele IKSP je Vědecká rada, složená z externích odborníků z teorie i praxe relevantních oborů. Jejím úkolem je projednávat zásadní otázky činnosti a vědeckého rozvoje Institutu, včetně střednědobých plánů výzkumné činnosti, a vyjadřovat se k odborným poznatkům a doporučením pro praxi. Vědecká rada také plní funkci vědecké redakce pro účely ediční činnosti Institutu. Členy rady jmenuje a odvolává ředitel IKSP, který též vydává její jednací řád.
Současnými členy Vědecké rady jsou:Předseda: JUDr. Miroslav Růžička, PhD. (Nejvyšší státní zastupitelství) Prof. Michael Benes (emeritní profesor RMIT Melbourne) PhDr. Hedvika Boukalová, Ph.D. (Filozofická fakulta UK) Doc. PhDr. Jiří Buriánek, CSc. (Filozofická fakulta UK) JUDr. Jaromír Hořák, Ph.D. (Právnická fakulta UK) Prof. JUDr. Věra Kalvodová, Dr. (Právnická fakulta Masarykovy univerzity) Prof. JUDr. Vladimír Kratochvíl, CSc. (Právnická fakulta Masarykovy univerzity) Prof. PhDr. Gabriela Lubelcová, CSc. (Filozofická fakulta UK Bratislava) Prof. JUDr. Jan Musil, CSc. (emeritní soudce Ústavního soudu ČR) JUDr. František Púry, Ph.D. (předseda trestního kolegia Nejvyššího soudu ČR) Prof. JUDr. Helena Válková, CSc. (Filozofická fakulta UK) Doc. JUDr. Ivana Zoubková, CSc. (Policejní akademie ČR)
Čestní členové Vědecké rady:
Prof. JUDr. Václav Pavlíček, CSc. (Právnická fakulta UK)
JUDr. Stanislav Rizman (emeritní předseda trestního kolegia Nejvyššího soudu ČR)